(יב) וְלָקַח מְלֹא הַמַּחְתָּה גַּחֲלֵי אֵשׁ מֵעַל הַמִּזְבֵּחַ מִלִּפְנֵי ה' וּמְלֹא חָפְנָיו קְטֹרֶת סַמִּים דַּקָּה וְהֵבִיא מִבֵּית לַפָּרֹכֶת: (יג) וְנָתַן אֶת הַקְּטֹרֶת עַל הָאֵשׁ לִפְנֵי ה' וְכִסָּה עֲנַן הַקְּטֹרֶת אֶת הַכַּפֹּרֶת אֲשֶׁר עַל הָעֵדוּת וְלֹא יָמוּת: (יד) וְלָקַח מִדַּם הַפָּר וְהִזָּה בְאֶצְבָּעוֹ עַל פְּנֵי הַכַּפֹּרֶת קֵדְמָה וְלִפְנֵי הַכַּפֹּרֶת יַזֶּה שֶׁבַע פְּעָמִים מִן הַדָּם בְּאֶצְבָּעוֹ: (טו) וְשָׁחַט אֶת שְׂעִיר הַחַטָּאת אֲשֶׁר לָעָם וְהֵבִיא אֶת דָּמוֹ אֶל מִבֵּית לַפָּרֹכֶת וְעָשָׂה אֶת דָּמוֹ כַּאֲשֶׁר עָשָׂה לְדַם הַפָּר וְהִזָּה אֹתוֹ עַל הַכַּפֹּרֶת וְלִפְנֵי הַכַּפֹּרֶת: (טז) וְכִפֶּר עַל הַקֹּדֶשׁ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וּמִפִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם וְכֵן יַעֲשֶׂה לְאֹהֶל מוֹעֵד הַשֹּׁכֵן אִתָּם בְּתוֹךְ טֻמְאֹתָם: (יז) וְכָל אָדָם לֹא יִהְיֶה בְּאֹהֶל מוֹעֵד בְּבֹאוֹ לְכַפֵּר בַּקֹּדֶשׁ עַד צֵאתוֹ וְכִפֶּר בַּעֲדוֹ וּבְעַד בֵּיתוֹ וּבְעַד כָּל קְהַל יִשְׂרָאֵל: (יח) וְיָצָא אֶל הַמִּזְבֵּחַ אֲשֶׁר לִפְנֵי ה' וְכִפֶּר עָלָיו וְלָקַח מִדַּם הַפָּר וּמִדַּם הַשָּׂעִיר וְנָתַן עַל קַרְנוֹת הַמִּזְבֵּחַ סָבִיב:
הגמרא מביאה שהיה דין דומה עבור הקטרת הקטורת שבכל יום, ש"פורשין מבין האולם ולמזבח בשעת הקטרה" (יומא מג):
"תנן התם: פורשין מבין האולם ולמזבח בשעת הקטרה. אמר רבי אלעזר: לא שנו אלא בשעת הקטרה דהיכל, אבל בשעת הקטרה דלפני לפנים, מהיכל - פרשי, מבין האולם ולמזבח - לא פרשי."
"בעת שמקטירין הקטורת בהיכל בכל יום פורשין כל העם מן ההיכל ומבין האולם ולמזבח לא יהיה שם אדם עד שיצא זה שהקטיר הקטרת, וכן בשעה שיכנס בדם חטאות הנעשות בפנים פורשים הכל מבין האולם ולמזבח עד שיצא שנאמר "וכל אדם לא יהיה באהל מועד בבואו לכפר בקודש וגו'" בנין אב לכל כפרה שבקודש שלא יהא שם אדם."
ויקרא רבה (וילנא) פרשת אחרי מות
"בשנה שמת בה שמעון הצדיק אמר להם בשנה זו הוא מת אמרו לו מנין אתה יודע אמר להם בכל שנה ושנה היה זקן אחד לבוש לבנים ומעוטף לבנים נכנס עמי ויצא עמי שנה זו נכנס עמי ולא יצא עמי אמר ר' אבהו ומי יאמר שאדם היה והלא הקדוש ברוך הוא בכבודו היה נכנס עמו ויוצא עמו אמר ר' אבהו וכהן גדול לא אדם היה אלא כההוא דאמר ר' פנחס בשעה שהיה רוח הקודש שרוי עליו היו פניו בוערות כלפידים עליו הה"ד (מלאכי ב) כי שפתי כהן ישמרו דעת וגו'."
תלמוד ירושלמי (וילנא) מסכת יומא פרק ה
"בעון קומי ר' אבהו והא כתיב [ויקרא טז יז] וכל אדם לא יהיה באהל מועד בבאו לכפר בקדש עד צאתו אפי' אותן שכתוב בהן [יחזקאל א י] ודמות פניהם פני אדם לא יהיו באהל מועד אמר לון מה אמר לי דהוה בר נש אני אומר הקדוש ברוך הוא היה:"
א"ר יצחק בן אליעזר תדע לך שנעשה המשכן וכל כליו ושחט את הקרבנות והקריבו וערך על המזבח וסדר את השלחן ואת המנורה ואת הכל ולא ירדה שכינה עד שהקריבו את הקטורת מנין דכתיב (שיר /השירים/ ד) עורי צפון ובואי תימן הפיחי גני יזלו בשמיו
בכל ימות השנה "כל אדם לא יהיה באוהל מועד" יחד עם הכהן המקטיר, שמא השכינה תקדים ותרד בדיוק בשעה שהכהן מקטיר את הקטורת. אך לא כן ביום הכיפורים. ביום הכיפורים הכהן מגיע למפגש אינטימי עם השכינה. במפגש האינטימי לא שייך שיהיה נוכח כל אדם אחר.
בסגנון דומה לזה כתב השם משמואל על עניין קרוב:
"בענין הקטורת של לפני ולפנים יש להתבונן דבכל מקום באה הקטורת אחר הקרבן, ומשנה שלימה שנינו בש"ס יומא (פ"ג מ"ה) קטורת של שחר היתה קריבה בין דם לאברים, של בין הערבים בין אברים לנסכים, ולמה לפני ולפנים התחיל בקטורת והיתה קרבה עוד קודם מתן דם הפר:
ונראה דהנה התמידין מכפרים, כאמרם ז"ל (במדב"ר פ' כ"א) תמיד של שחר מכפר על עבירות שבלילה ושל בין הערבים מכפר על עבירות שנעשו ביום. והנה קטרת היא לשון קישור שמקשרת נפשות ישראל לשרשם, וע"כ נצרך שתהי' הכפרה מקודם שיהיו הנפשות ראויות להתקשר למעלה, וכענין (אסתר ד') כי אין לבוא אל שער המלך בלבוש שק.[...]
אך כל זה הוא בשאר ימות השנה, אבל ביוהכ"פ שנתגלה הלובן העליון אין שם תערובת דין כלל, ואז מתגלה בחירת ישראל למעלה מן הטעם, וכמו שהגיד כ"ק אבי אדמו"ר זצללה"ה שזהו ענין ההגרלה לעורר בחירת ישראל למעלה מן הטעם, עכ"ד. וע"כ ביוהכ"פ כתיב וכן יעשה לאוהל מועד השוכן אתם בתוך טומאותם, ואמרו ז"ל (יומא נ"ז א) אפילו בזמן שהם טמאים שכינה שרוי' ביניהם, ואף שזהו נמי בכל ימות השנה, מ"מ מדכתיב זה ביהכ"פ נראה שאז נתגלה זה בעיקר. וכבר הגדנו שזהו ענין כפרת יוהכ"פ, שהרי ישראל יהיו איך שיהיו מתקרבין לשרשם ביוהכ"פ, ושוב הוו כמו שאמרו ז"ל מים שנטמאו משיקן והם טהורים, כי הטומאה בהכרח פורחת מהם אחר שנתחברו לכלל טהרה, כן הוא בנפשות ישראל אחר שנתחברו לשרשם. וא"כ ביוהכ"פ החיבור והדיבוק לשרשם הוא קודם הכפרה, אדרבה כל הכפרה נסתעפה מן הדיבוק, ע"כ להורות על ענין זה הקדים הכתוב קטורת לפני ולפנים קודם כפרת הדם:"
ביום הכיפורים הכהן נכנס למפגש אינטימי עם השכינה ומבקש לכפר בעדו, ובעד ביתו ובעד כל קהל ישראל.