מזוזה בבית הכנסת - שיטת הירושלמי

הבית יוסף בהלכות מזוזה (יורה דעה סימן רפו) כותב כך:
ובירושלמי פרק בתרא דמגילה (הי"ב) משמע דבי מדרשא דרבי חנינא היה בו מזוזה

כוונתו לדברי הירושלמי הבאים:
ודא מזוזה יהבין לה היכא (=וזאת המזוזה, היכן נותנים אותה)?
רבי זעורה רב יהודה בשם שמואל משלשו ונותנו בתחילת שליש העליון
ר' חלבו בשם רב חונה חוצה את הפתח ומשלשו ונותנה בסוף שליש התחתון
מה ביניהון? מקום מזוזה ביניהון
בר טברי שאל לר' יצחק: הגע עצמך שהיה שער גבוה. א"ל: נותנה כנגד כתיפיו.
בית מדרשיה דר' חנינה עביד כן

הרב רא"ם הכהן, במאמר שפורסם בשמו, מעיר על הבנת הבית יוסף בירושלמי:
אולם לענ"ד אין ראיה מדברי הירושלמי מפאת שתי סיבות:
א. הירושלמי שם דן במיקום המזוזה בפתחים גבוהים, ואפשר לבאר את הירושלמי לא כתאור הבנין של בית מדרשו של ר' חנינא, אלא כהנהגה שכך נהגו תלמידי בית מדרשו של ר' חנינא.
ב. אולי בבית מדרשו של ר' חנינא היה בית דירה לחזן הכנסת או לר' חנינא, והחיוב אינו מצד בית המדרש.

מעניין לציין לסוגיא בבבלי שיכולה אולי להאיר את שיטת הירושלמי (תלמוד בבלי מסכת ברכות דף מז עמוד א):
רבין ואביי הוו קא אזלי באורחא, קדמיה חמריה דרבין לדאביי, ולא אמר ליה ניזיל מר. אמר: מדסליק האי מרבנן ממערבא גס ליה דעתיה. כי מטא לפתחא דבי כנישתא, אמר ליה: ניעל מר. אמר ליה: ועד השתא לאו מר אנא? - אמר ליה, הכי אמר רבי יוחנן: אין מכבדין אלא בפתח שיש בה מזוזה. דאית בה מזוזה אין, דלית בה מזוזה - לא? אלא מעתה, בית הכנסת ובית המדרש דלית בהו מזוזה, הכי נמי דאין מכבדין? אלא אימא: בפתח הראוי למזוזה.

[תרגום: רבין ואביי היו הולכים בדרך, הקדים חמורו של רבין את של אביי ולא אמר לו "ילך אדוני בראש". אמר אביי בלבו מכיון שעלה חכם זה מא"י לבבל גסה רוחו. כאשר הגיעו לפתח בית הכנסת אמר לו רבין לאביי: יכנס אדוני בראש. אמר לו: ועד עתה לא הייתי "מר"?! אמר לו רבין: כך אמר ר' יוחנן, אין מכבדין אלא בפתח שיש בה מזוזה. על זה שואלת הגמ': שיש בה מזוזה דווקא, אבל שאין בה מזוזה לא! והרי בבית הכנסת ובבית המדרש שאין בה מזוזה גם כן לא מכבדים? מתרצת הגמ': אמור: בפתח הראוי למזוזה, הגם שבפועל אין בה מזוזה.]

בסיפור זה, נפגשים רבין המגיע מארץ ישראל עם האמורא הבבלי אביי. רבין מגיע לבית הכנסת ומצטט את גדול אמוראי ארץ ישראל, רבי יוחנן, שמכבדים בפתח שיש בה מזוזה. התלמוד הבבלי לא מבינה מה פתאום רבין מתייחס לבית הכנסת כמקום שיש בה מזוזה ומפרשת את דבריו שהוא מדבר על מקום הראוי למזוזה.

לאור הבנת הבית יוסף בירושלמי, ייתכן ורבין הביא איתו מסורת מארץ ישראל שלא רק לבית המדרש היה מזוזה, אלא אפילו לבית הכנסת היה מזוזה. התלמוד הבבלי שנקט מסורת אחרת, פרשה את דבריו באופן שיסתדר עם המציאות והמנהג בבבל.